A história da cidade começa no século XIX, quando em 1845 Joaquim Francisco Lopes, irmão do "Guia Lopes", foi enviado pelo senador do Império, João da Silva Machado, para estabelecer uma comunicação pluvial com a província de Mato Grosso, através do baixo Paraguai. Lopes fincou dois cernes de piuva na confluência dos rios Nioaque e Urumbeva, e registrou 8 de abril de 1849 e as iniciais "B" e "A", em homenagem ao Barão de Antonina, que havia o enviado.
Um ano depois, em 1850, estabeleceu-se na região um destacamento de 25 militares, e em 1855 foi oficialmente criada a Colônia Militar de Nioac, por meio de decreto assinado pelo Ministro do Império, Luiz Pedreira do Couto Ferraz. Durante a Guerra da Tríplice Aliança, a cidade foi invadida duas vezes por forças paraguaias.
Em 1867, tropas brasileiras tentaram tomar Concepción, mas o plano de Duque de Caxias falhou devido a doenças e escassez de alimentos, e o comandante da operação, Coronel Carlos de Moraes Camisão, e José Francisco Lopes, conhecido como "Guia Lopes", morreram.
Os paraguaios acompanhavam as tropas brasileiras e sabendo que voltariam a Nioaque, depositaram um barril de pólvora no interior da igreja, quando ao retornarem para colônia militar, um soldado acendeu um isqueiro causando uma grande explosão que resultou em várias vítimas.
E assim a Guerra e as adversidades influenciaram no crescimento de Nioaque, e causaram impactos até os dias atuais. Vale destacar também que a cidade só existe por estratégia na época do Império criando uma colônia militar para defender a soberania nacional.
